科属不同

桧柏：属于柏科刺柏属，学名圆柏，拉丁学名 Juniperus chinensis L。

翠柏：属于柏科翠柏属，拉丁学名 Calocedrus macrolepis Kurz。

形态特征不同

桧柏：树皮呈灰褐色，纵向开裂并会脱落条片。幼树的枝条通常斜向上伸展，小枝则笔直或稍带弧形弯曲。叶二型，即刺叶及鳞叶，刺叶生于幼树之上，老龄树则全为鳞叶，壮龄树兼有刺叶与鳞叶。

翠柏：树皮红褐色、灰褐色或褐灰色，幼时平滑，老则纵裂。枝斜展，幼树树冠尖塔形，老树则呈广圆形；小枝互生，两列状，生鳞叶的小枝直展、扁平、排成平面，两面异形，下面微凹。

生长习性不同

桧柏：既喜欢光照，也具有较强的耐阴性，耐寒且耐热，对干旱和潮湿都有一定的抗性，对土壤的要求并不严格，可以在酸性、中性或碱性土壤中生长，但更喜欢深厚、排水良好的中性土壤。

翠柏：适宜生活在温暖湿润气候区，分布于海拔 1000-2000 米的地带，常见于山谷坡脚湿润疏林、公路两旁等地，适生土壤多为山地红壤或者黄红壤，耐阴耐旱，喜光性随着树龄的增加而增强，耐瘠薄性、抗病性均较强。

分布范围不同

桧柏：原产中国华北、西北及长江流域，从内蒙古和沈阳以南到两广北部，从滨海省份到四川、云南都有分布。

翠柏：在中国主要分布于广西壮族自治区、海南省、贵州省、云南省，在越南、缅甸也有分布。

保护级别不同

桧柏：不属于国家重点保护野生植物。

翠柏：2021 年在中国《国家重点保护野生植物名录》中，被列为二级保护植物；2010 年在 IUCN 濒危物种红色名录中，被列为近危物种（NT）。